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不承認皇帝神的地位）受到打擊和迫害。
在西歐中世紀大部分時間裡天主教是大多數國家的國教，持其它信仰者被看作異教徒。宗教迫害極其嚴重。宗教不容忍也是十字軍東征的起因之一。猶太人也經常因為宗教的原因而受到迫害。
宗教改革後在天主教和新教國家間爆發了多次宗教戰爭。1555年的奧格斯堡和約中神聖羅馬帝國皇帝查理五世第一次允許帝國內的領地統治者們自由選擇他們自己的宗教。他們的臣民則隨其君主選擇其宗教。
1789年法國大革命的《人權和公民權宣言》受美國《獨立宣言》影響宣布法國公民享受信仰自由。隨著歐洲其它國家神權與民權的分離這個概念也漸漸在其它歐洲國家普及。
中國傳統宗教中缺乏一神教的專一性，即使在三皇五帝時期也有類似一神論的信仰，同時在宗教組織的結構上也沒有統一的宗教領袖和教條理論，道教的教義也比較寬鬆，因此對其它外來的宗教比較寬容。中國民間信仰始終有將各個宗教混在一起的趨勢。不過儒家思想始終是主流，與忠孝等準則不符的宗教信仰全部要加以改動來適應中國社會。即使虔誠的佛教徒依然保持祭祀祖宗、祭祀天地等信仰。《西遊記》中也說過「沒有不忠不孝的神仙。」
但同時宗教鬥爭和迫害也有發生，佛道之爭從民間一直延續到朝廷。比較著名的大規模的宗教迫害有唐武宗滅佛和北周武帝滅佛。同時從教義和組織上有可能威脅到統治者地位的宗教也往往被打為邪教而受迫害，比如白蓮教。
另外，一如所有層次較低卻更能普推的信仰，中國民間本身對外來宗教不可避免的也會有抗拒的反應，產生了很多歧視甚至是實際迫害。例如在義和團事件中，不少中國新教徒及天主教徒被殺死，甚至是傳教士也不能倖免。另外，伊斯蘭教一直也不能在漢人之間流傳，也是因為漢人認為這只是回族等「外族」的宗教，即使到了近代，信奉伊斯蘭教的回族也常和漢人發生宗教衝突。
中華人民共和國憲法第二章第三十六條規定：
在1980年代前，中華人民共和國境內不存在宗教自由，不僅許多宗教場所被破壞或被他用，而且公開宣布自己的宗教信仰或從事宗教儀式被發現幾乎一直總是被視為反革命罪行。對宗教信仰的打擊尤其在文化大革命中達到頂點，許多有非常高的歷史和文化價值的宗教場所和文物被摧毀。
從80年代開始中華人民共和國境內的情況有所好轉，但許多西方政府和人權組織依然認為在中華人民共和國境內宗教自由不獲得保障。比如憲法中第36條的最後一節限制一定的宗教組織和儀式。第三節中「破壞社會秩序、損害公民身體健康、妨礙國家教育制度的活動」也是彈性非常大的描述方法。
而且由於三自教會的觀念導致中華人民共和國的天主教教會被分成愛國會和地下教會。